Село Мустафино, где родился Муса Джалиль, расположено в Шарлыкском районе Оренбургской области в 150 километрах от областного центра. Это - «малая родина» поэта, здесь прошли годы его детства и юности.

Один из первых музеев, посвященных памяти поэта, появился именно в его родном селе. Еще в 1960-е гг. в местной школе краеведы создали музейный уголок поэта. В 1972 году в новом здании школы был открыт музей Мусы Джалиля. На эти годы приходятся активные контакты жителей села с писателями, поэтами и общественными деятелями Татарстана, которые после каждого своего посещения села оставляли на память документы, фотографии, книги, связанные с поэтом. Частыми гостями музея были сверстники и товарищи детства М. Джалиля, которые рассказывали о начале жизни поэта.

В 1976 году музей был перемещен в сельский Дом культуры, построенный по типовому проекту к 70-летию со дня рождения поэта. Заслуги музея в поисковой работе, патриотическом воспитании, пропаганде подвига и поэтического наследия М. Джалиля были отмечены званиями «Школьный музей» (1983 г.) и «Народный музей» (1991 г.). С 1996 года является самостоятельным, ныне муниципальным музеем.

Несколько раз осуществлялось обновление музея, создание новых экспозиций (в связи с памятными и юбилейными датами — в 1976, 1986, 1996, 2006 гг.).

Экспозиция 1986 года создавалась по проекту Оренбургского краеведческого музея. В 1996 году она была дополнена интерьером татарской сельской избы. В 2006 году, к 100-летию М. Джалиля, проведена реэкспозиция музея. В дни празднования 100-летия поэта село Мустафино и музей впервые посетила дочь поэта — Чулпан Мусеевна Залилова.

Музей занял видное место в куль­турной сфере села, Шарлыкского района и Оренбургской области в целом, обрел индивидуальное лицо, сформировал в своих фондах и экспозициях ценное историческое наследие, документальные и пред­метные свидетельства эпохи.

Музей принимает туристов из Оренбуржья, Башкирии, Татарстана, Подмосковья, Украины, Казахстана и др. Мнения посетителей Музея М. Джалиля, зафиксированные в Книге отзывов, свидетельствуют о том, что музей востребован и несет важное для людей содержание.

При содействии губернатора Оренбургской области Ю. Берга и президента республики Татарстан Р. Минниханова в 2012 году произведена реконструкция мемориального комплекса имени Мусы Джалиля.

Новая музейная экспозиция открыта в 2013 году.